Una pared intestinal sana y una microbiota intestinal diversa, evita el paso de microorganismos patógenos al torrente sanguíneo. En cambio, cuando la barrera intestinal se altera aumenta la permeabilidad de la pared intestinal, permitiendo el paso de alimentos parcialmente no digeridos, toxinas, fármacos y la invasión de otros microorganismos (protozoos, virus, bacterias patógenas) al torrente sanguíneo y a la barrera hematoencefálica.

En consecuencia, se puede generar un proceso de neuroinflamación que puede afectar al Sistema Nervioso Central (SNC).